Satisfecho el rey Felipe por el comportamiento de su hermano en los sucesos protagonizados por el heredero, decidió encomendar a Don Juan la misión de limpiar de corsarios las costas del Mediterráneo.
Por lo que en alianza con Venecia y Los Estados Pontificios, la escuadra conjunta, que contaba con 264 barcos y unos 80.000 hombres bajo el mando supremo de Don Juan de Austria y con jefes tan notables como Álvaro de Bazán, Antonio Doria, Requesnes y Farnesio, consiguió una aplastante victoria sobre el almirante turco Ali-Baja, de la cual los aliados no supieron sacar el debido fruto por la prematura disolución de La Liga.
La estrategia de esta batalla, librada frente a la ciudad de Lepanto actualmente Naupacto, municipio de la unidad periférica de Etoila-Acarniana en la costa norte del estrecho que separa el Golfo de Patras y el de corinto, en El Peloponeso, ha sido comparada por los políticos modernos con la observada por los grandes almirantes de nuestros días en la batalla del Pacifico, durante la Segunda Guerra Mundial, y resaltan la forma genial en cómo se movieron la escuadra de socorro y la de reserva al mando de Álvaro de Bazán, para decidir la victoria en el momento culminante.
El balance fue para los turcos de 25.000 muertos y 500 prisioneros, además de 80 galeras hundidas y 30 apresadas, mientras La Liga Cristiana sufrió la pérdida de 13 galeras y unos 8.000 soldados, pero eliminó para siempre la amenaza otomana que pesaba sobre Europa.
Como anécdota, mencionar que en esta batalla perdió la movilidad de su brazo el escritor Miguel de Cervantes, autor del universal Don Quijote de la Mancha.
Las consecuencias de Lepanto fueron también determinantes en la vida de Don Juan de Austria, cuyos éxitos, como ya ocurriera anteriormente con El Gran Capitán, habían puesto en guardia a importantes personajes de la Corte, quienes conociendo la innata desconfianza de Felipe II, no tardaron en sembrar en el monarca la duda y la prevención.
A partir de ese momento, Don Juan es alejado con buenas maneras de la corte por su real hermano, que le recomienda que descanse y se divierta en el bello reino napolitano.
Además del imprescindible recorrido por el casco antiguo de la ciudad, resulta interesante la visita a su Puerto Amurallado con la estatua de Miguel de Cervantes, y por encima del puerto la Torre del Reloj de Lepanto y los Baños Turcos, además del antiguo Faro y la Mezquita de Fethive, para proseguir por el Castillo de Lepanto, además de sus paradisiacas playas.